全国高校电子商务与电子政务联合实验室年会每年举办一次，会议轮流由常务理事单位学校承办。年会旨在促进成员单位资源共享、人才交流、联合攻关以及国际合作，至今已举办18届。

联合实验室2008年年会暨电子商务创新、创意与创业高级研讨会在西安举行，由西安交通大学承办。

联合实验室2010年年会在深圳举行，由腾邦集团承办。

联合实验室2011年年会在西安举行，由西安交通大学承办。

联合实验室2012年年会、河南工业大学分部挂牌仪式暨学术交流会在郑州举行，由河南工业大学承办。

联合实验室2014年年会以“携手创新 开拓未来”为主题在西安举行，由西安欧亚学院承办。

联合实验室2015年年会在重庆举行，由重庆市忠县人民政府承办。

联合实验室2016年年会以“互联网+企业电子商务发展战略”为主题在武汉举行，由武汉理工学院承办。