海峡两岸电子商务高峰论坛旨在加强海峡两岸学校和企业在科研、教学、实践方面的交流，互相借鉴，各取所长，共同进步。大陆方面主要由西安交通大学和厦门大学负责，台湾方面主要由台湾中山大学负责。海峡两岸电子商务高级论坛至2017年已举办了四届。

2014年10月19日，首届海峡两岸电子商务高峰论坛于在台湾高雄国立中山大学隆重举办，100多位来自两岸高校的电子商务专家学者及业界企业家参加论坛，就两岸电子商务合作、跨境电商等展开深度研讨。

2015年8月7日，第二届“互联网+”时代两岸电商高峰论坛暨中国国际电子商务中心培训学院厦门分院揭牌仪式在厦门举办。

2016年7月23日，第十三届全国高校电子商务教育与学术研讨大会暨海峡两岸电子商务高峰论坛在西安交通大学隆重召开。

2017年9月，第四届海峡两岸电子商务高峰论坛在杭州市阿里巴巴集团召开。